1. 「クリンゴンの暴挙（前編）」 (“The Way of the Warrior, Part I”)
クリンゴン帝国がドミニオンの脅威を理由に、ベイジョーを含む近隣の星系に対して軍事行動を開始する。シスコは状況の悪化を防ぐため、クリンゴンの大使マートク将軍との交渉を試みるが、ワーフがネクスト・ジェネレーションから転属してきて状況をより複雑にする。クリンゴンはベイジョー政府を打倒し、クーデターを支援する計画を進める。ディファイアント艦は防衛に備え、戦争の危機が迫る。
2. 「クリンゴンの暴挙（後編）」 (“The Way of the Warrior, Part II”)
クリンゴン艦隊がDS9を攻撃し、シスコたちはディファイアントで迎撃する。ワーフはクリンゴンとの内通者を見つけ、敵の計画を阻止するが、彼はクリンゴン帝国を裏切る形となる。最終的に、シスコとクルーはクリンゴンの侵略を食い止めるが、帝国との関係は決定的に悪化する。ワーフはDS9に正式に配属され、シリーズにレギュラーとして加わる。
3. 「死の蔓延」 (“The Visitor”)
シスコが事故で死んだと思われた後、ジェイクは彼を取り戻そうと一生をかけて研究を続ける。ジェイクの人生はシスコを救うために犠牲にされ、彼は父親が消えるたびに時間を超えて苦しむ。最終的に、老いたジェイクは自らの命を犠牲にして時間を巻き戻し、若き日の自分とシスコを救う。このエピソードは父と息子の絆を深く描き、感動的なエピソードとして評価されている。
4. 「鋼の勇気」 (“Hippocratic Oath”)
オブライエンとベシアはジェムハダー戦士の一団に捕らえられる。ジェムハダーは自らを支配している「カトラセル・ホワイト」という薬から解放される方法を求めており、ベシアに治療を依頼する。オブライエンはジェムハダーを信用せず脱出を試みるが、ベシアは彼らを救いたいと考えて対立する。最終的に、脱出には成功するが、ベシアの理想と現実の葛藤が残る。
5. 「迫りくる嵐」 (“Indiscretion”)
キーラとガラックは、カーデシアによる奴隷船ラヴォートが消息を絶った場所を調査するために協力する。彼らはキーラの旧友がその船にいたことを知り、彼女を救出しようとするが、ガラックは別の目的を持っていた。ガラックはカーデシアの高官であるデュカットの娘ザイヤルが生きていることを知り、彼女を殺そうとするが、最終的に彼女を助ける決断をする。キーラとデュカットの関係にも変化が生じる。
6. 「リトル・グリーン・メン」 (“Little Green Men”)
クワーク、ロム、ノーグがシャトルで地球に向かう途中、事故により20世紀の地球にタイムスリップしてしまう。彼らは1947年のロズウェル事件に巻き込まれ、アメリカ政府に捕らえられる。フェレンギ人たちは現代の地球人と異なる文化の中で苦労しながらも、タイムスリップから抜け出そうと奮闘する。最終的に、彼らは未来に戻ることに成功する。
7. 「偽りの正義」 (“Starship Down”)
ディファイアントがドミニオンの領域でジェムハダーの攻撃を受け、ステーションに戻る途中で宇宙船が致命的な損傷を受ける。シスコは乗組員たちを率いて、絶望的な状況から脱出しようとするが、船内では緊張が高まり、クルー間の対立も激化する。オブライエンやキラ、ワーフ、ダックスなど、それぞれが個別の試練を乗り越えつつも、最終的に協力して船を救う。
8. 「グランド・ネーガスの策略」 (“The Sword of Kahless”)
ワーフとコール、コロスはクリンゴンの伝説的な「カーレスの剣」を探し出すため、危険な探検に出る。彼らは剣を手に入れるが、その力を巡って内部分裂が生じ、剣の所有を巡って仲間同士が敵対する。最終的に、彼らは剣の力が分裂を引き起こす危険性を理解し、剣を再び隠す決断を下す。
9. 「再会の誓い」 (“Our Man Bashir”)
ベシアは、ホロデッキでスパイ風の冒険を楽しんでいたが、DS9の主要クルーが事故に巻き込まれ、ホログラムのキャラクターとして取り込まれてしまう。ベシアは彼らを助け出すため、ホロデッキ内でのミッションを成功させなければならない。彼はシスコ、キラ、ワーフたちと協力しながら、危険な状況を切り抜け、最終的に全員を無事に救出する。
10. 「信じる心」 (“Homefront”)
地球で連邦の主要施設がドミニオンによるテロ攻撃を受け、シスコは地球に呼び戻されて防衛体制の強化に参加する。彼の父親ジョセフと再会するが、ドミニオンの脅威が日常生活にどれほどの影響を与えているかを痛感する。シスコは、フォンダーが変装している可能性に対処しつつも、自由を守るために戦う。連邦内で緊張が高まる中、シスコは厳しい選択を迫られる。
11. 「戦火の地球」 (“Paradise Lost”)
シスコは地球で発生したドミニオンの潜入に対応し、フォンダーによるさらなる攻撃を防ごうとする。だが、シスコは連邦の一部がクーデターを計画していることを発見し、フォンダーの脅威を口実に地球を軍事独裁に変えようとしている勢力と対峙する。シスコは、連邦内の自由と民主主義を守るために戦い、最終的にクーデターを阻止する。父ジョセフとの絆が試される。
12. 「誘拐犯ガル・デュカット」 (“Crossfire”)
ベイジョーの首相シャカールがDS9を訪れ、彼に対する暗殺の脅威が浮上する。オドーは彼を守る任務を引き受けるが、シャカールとキーラの親密な関係に対して嫉妬心を抱く。オドーは自分の感情をコントロールできず、キーラとの友情に亀裂が入る。最終的にオドーは、自分の未熟さを認識し、キーラへの感情を封印する決意をする。
13. 「戻らぬ友情」 (“Return to Grace”)
ガル・デュカットはカーデシアで失脚し、ベイジョー人の船の護衛任務に就く。キーラと協力して反乱分子と戦う中、デュカットは自らの再起を図る。彼はカーデシア政府の裏切りに直面しつつも、ザイヤルとの関係を改善する努力を続ける。最終的に、デュカットは個人の復讐心を押し殺し、カーデシア帝国を守る決意を固める。
14. 「夢の洞窟」 (“Sons of Mogh”)
ワーフの弟カーンがDS9を訪れ、家族の名誉を失ったことに絶望している。彼は名誉回復のためにワーフに助けを求めるが、ワーフはクリンゴンの伝統とスター・フリートの規則との間で葛藤する。カーンは自らの命を断つよう懇願するが、ワーフは彼に新しい人生を提供しようとし、最終的にカーンは新たな道を歩むことを決意する。
15. 「ホロスイートの反乱」 (“Bar Association”)
クワークのバーで働くロムが、過酷な労働条件に不満を抱き、労働組合を結成する。クワークはこれに激怒し、弟ロムとの対立が深まる。一方、DS9のクルーはフェレンギ社会の厳しい経済システムに対抗する方法を模索する。最終的に、ロムの組合は勝利し、クワークとの和解が成立するが、彼らの兄弟関係には新たな変化が生じる。
16. 「ワームホールの神々」 (“Accession”)
ベイジョー人の預言者とされる人物がワームホールから戻り、シスコの「エミサリー」の地位を奪おうとする。シスコは、宗教的リーダーとしての責任に苦しみながらも、ベイジョー人のために自らの役割を再確認する。最終的に、シスコは預言者からの導きを得て、自分の使命を果たすことを決意し、再びベイジョー人の「エミサリー」としての地位を確立する。
17. 「暗黒の先に」 (“Rules of Engagement”)
ワーフが戦闘中に民間船を撃沈したとして裁判にかけられる。カーデシア人の検事はワーフを戦争犯罪で訴え、彼のクリンゴンとしての過去を追及する。シスコはワーフを弁護し、彼が正当な判断をしたことを証明しようとする。最終的に、ワーフは無罪を勝ち取るが、自分の戦士としての価値観とスター・フリートの規則の違いに悩む。
18. 「バシア博士の秘密」 (“Hard Time”)
オブライエンは、他星系での犯罪行為を理由に20年の架空の刑務所生活を記憶に埋め込まれる。彼はその記憶に苦しみ、かつての囚人仲間を殺害した罪悪感と向き合うことになる。彼の家族やベシアは彼を支えようとするが、オブライエンは精神的な葛藤から抜け出せない。最終的に彼は自己犠牲の精神で乗り越え、平穏を取り戻す。
19. 「クワークの結婚」 (“The Muse”)
クワークは強制的に結婚させられそうになるが、彼は婚約者の女性の策略に気づき、逃れるためにさまざまな方法を試みる。一方、ジェイクは創作のインスピレーションを求めて、不思議なエイリアンに出会い、彼の書き手としての才能を引き出す。だが、その代償として彼の命が危険にさらされることになる。ジェイクはインスピレーションを得るために命をかけるかどうかの選択を迫られる。
20. 「時空を超えた対話」 (“For the Cause”)
カシディ・イェイツがマキのメンバーであることが発覚し、シスコは彼女の裏切りに直面する。彼はカシディを逮捕するか、愛情に従うかで悩むが、最終的に職務を全うする道を選ぶ。ディファイアントはカーデシアへの物資輸送を阻止するため出撃し、カシディは逮捕される。シスコは失恋の痛みに耐えながら、任務の重要性を再確認する。
21. 「恐怖のオメガ部隊」 (“To the Death”)
ディファイアントはジェムハダーの反乱部隊と対峙し、連邦とドミニオンの間で不安定な同盟が成立する。シスコとクルーはジェムハダーと協力して敵の基地を破壊し、秩序を取り戻そうとするが、ジェムハダー戦士たちとの対立が次第に激化する。最終的に、シスコたちは勝利するが、ジェムハダーとの信頼関係が根本的に崩れることを理解する。
22. 「追憶」 (“The Quickening”)
ベシア、ダックス、キラは、ガンマ宇宙域でドミニオンによって作られた死のウイルス「クイッケニング」に苦しむ惑星に到着する。ベシアはワクチンを開発し、病気を治そうと奮闘するが、住民たちは治療への希望を失っている。最終的にベシアは一部の住民を救うことに成功するが、彼の理想と現実のギャップに悩む。
23. 「戦士の証」 (“Body Parts”)
クワークは余命いくばくもないと告げられ、自分の死を商売にしようとする。しかし、彼が死の直前に判明した新たな事実により、彼は実は健康であることがわかる。クワークは自らが売りに出した遺体処理契約を解消するために苦境に立たされる。フェレンギの死生観と商業主義の矛盾がテーマとなるエピソード。
24. 「名誉の代償」 (“Broken Link”)
オドーが病に倒れ、フォンダーとしての能力を失い始める。彼を救う唯一の方法は、フォンダーの母星に戻ることだが、彼はそこで裁きを受けることになる。フォンダーはオドーを「不変の形態」に変え、人間の姿で生きるように罰を与える。オドーは、自分の種族から追放されることになり、人間社会で新たな生活を始めることになる。
各シーズンの放送期間とエピソード数は下記に示した通りです。各シーズンをクリックすると、そのシーズン全話のアラスジが読めます。